Wieś Witkowice istniała na pewno XIII wieku o czym wspominają dokumenty z 1272 roku. Parafia została erygowana w 1314 roku lub w 1326 roku. W 1328 roku proboszcz z Witkowic płacił świętopietrze. Parafia należała do dekanatu oświęcimskiego.
21 lutego 1457 roku zostaje zawarty w Gliwicach układ między księciem oświęcimskim Janem IV (Janusz IV), a królem Polski Kazimierzem Jagiellończykiem w sprawie powrotu księstwa oświęcimskiego do Polski. Należało do książąt Śląskich od 1179 roku, gdzie wymieniana jest wieś Witkowice.
W 1595 roku odnotowana jest pierwsza wizytacja biskupia, która stwierdza, że kościół został zajęty i sprofanowany przez dziedzica Stanisława Witkowskiego i jest w rękach protestantów. W 1601 roku jest z powrotem w rękach katolików, ale nie ma jeszcze swojego stałego proboszcza katolickiego. W 1658 roku proboszczem zostaje ks. Jan Międzychodzki.
W 1776 roku parafia liczy 600 osób. W rocznikach diecezjalnych z 1841 roku jest zapisane, że w Witkowicach jest szkoła parafialna i ma 27 uczniów. W 1844 roku parafia liczyła 1206 osób. Mieszkało 34 Żydów, którzy mieli swoją synagogę. Z katolikami żyli w zgodzie...